知识产权海关保护，是指海关对与进出口货物有关并受中华人民共和国法律、行政法规保护的商标专用权、著作权和与著作权有关的权利、专利权（以下统称为知识产权）实施的保护。

海关作为进出口货物的管理机关，发现侵权嫌疑货物时可以及时对该批货物进行扣押，并通知权利人进行确认。因海关知识产权保护这一程序的及时性、有效性等优点，近年来，这一手段越来越受到知识产权权利人的重视。但也有众多企业，尤其是国外企业对中国的知识产权海关保护不甚了解。

知识产权权利人是以请求海关扣留侵权嫌疑货物的方式来达到知识产权保护的目的。而海关扣留侵权嫌疑货物主要有以下两种执法方式。

依申请：知识产权权利人发现侵权嫌疑货物即将进出口，向货物进出境地海关提出扣留侵权嫌疑货物的申请，并提供担保。符合规定的，海关应当扣留侵权嫌疑货物（《中华人民共和国知识产权海关保护条例》第12条～15条）。

依职权：海关发现进出口货物有侵犯备案知识产权的嫌疑，书面通知知识产权权利人。知识产权权利人应自通知送达之日起3个工作日内通知海关是否申请扣留侵权嫌疑货物。知识产权权利人在规定时间内申请扣留侵权嫌疑货物，并提供担保的，海关应当扣留侵权嫌疑货物（《中华人民共和国知识产权海关保护条例》第16条，第20条）。

因“依申请”方式需要知识产权权利人事先做大量的调查才有可能掌握侵权嫌疑货物的进出口信息，如进出口海关、进出口时间等，因此在实务中，权利人自行发现侵权嫌疑货物的进出境信息并申请扣留侵权嫌疑货物的情况比较少，随之其在海关保护知识产权执法中占据的比例也相应比较低。

而知识产权权利人在海关备案知识产权后，因海关有义务对备案知识产权予以保护，且近年来，中国海关将知识产权保护作为重点工作，通过加强对进出口货物的实际监管、增加执法资源的投入、加强风险管理技术等手段，积极主动地开展保护知识产权的执法活动。所以在实务中“依职权”的执法模式较为普遍。